Berangkat dari visi dan cita-cita para tokoh perintisnya yang memilih hijrah kepada  Islam yang Kaffah (Sempurna) sebagaimana perwujudan Rasulullah Shalallahu ‘Alaihi wasallam dan Khulafau ar-Rasyiddin, Pondok Pesantren Islam Shuffah Hizbullah menyelenggarakan program pendidikan dalam rangka mempersiapkan generasi pelanjut amanah risalah Islam bagi kemakmuran seluruh alam.

Pada mulanya (tahun 1976), bentuk pendidikan menerapkan pengajaran salafilah yang bersifat tradisional dengan masjid sebagai pusat kegiatannya. Lalu, pada tahun 1986 diterapkan pengajaran klasikal program 5 tahun dengan nama “Al-Wustho” dan madrasah sebagai tempat kegiatan belajar mengajar. Kemudian pada tahun 1993, Keberadaan pesantren pun didaftarkan di Kementrian Agama RI dan secara resmi dibuka pendidikan formal yaitu tingkat Tsanawiyah dan Aliyah pada tahun 2000.