Pondok Pesantren Shuffah Hizbullah dan Madrasah Al-Fatah adalah pusat pendidikan Islam dan dinamika kehidupan Ahlu Shuffah (santri) yang menyatu dengan masyarakat, lahir sejak tahun 1976. Berangkat dari visi dan cita-cita para tokoh perintisnya yang memilih hijrah kepada  Islam yang Kaffah (Sempurna), sebagaimana perwujudan Rasulullah SAW dan Khulafau ar-Rasyiddin, Pondok Pesantren Islam Shuffah Hizbullah menyelenggarakan program pendidikan dalam rangka mempersiapkan generasi pelanjut amanah risalah Islam bagi kemakmuran seluruh alam. Pada mulanya, bentuk pendidikan menerapkan pengajaran salafilah yang bersifat tradisional dengan masjid sebagai pusat kegiatannya. Lalu, pada tahun 1987 diterapkan pengajaran klasikal program 5 tahun dengan nama "Al-Wustho" dan madrasah sebagai tempat kegiatan belajar mengajar. Mengingat sebelumnya lulusan Al-Wustho tidak memiliki ijazah sehingga kesulitan jika meneruskan jenjang lebih tinggi. Kemudian pada tahun 1993, atas tuntutan dan usulan masyarakat sesuai perubahan dan perkembangan dunia pendidikan yang menuntut adanya penyesuaian sistem pengelolaan, maka dilakukan evaluasi dan langkah-langkah penyempurnaan status lembaga dari pesantren tradisional ke pesantren modern. Keberadaan pesantren pun didaftarkan di Kementrian Agama RI dan secara resmi dibuka pendidikan formal yaitu tingkat Tsanawiyah dan Aliyah pada tahun 2000 sehingga Pondok dapat mengeluarkan ijazah untuk para lulusannya. Sejak itulah, Pondok Pesantren Islam Shuffah Hizbullah melengkapi namanya menjadi Pondok Pesantren Shuffah Hizbullah dan Madrasah Al-Fatah, yang lebih dikenal dengan Pondok Pesantren Al-Fatah.