Warna hijau adalah warna yang paling disukai oleh Rasulullah SAW. Hijau menjadi representasi dari warna alam yang sarat akan harmoni (keseimbangan), kesuburan, kesegaran, kedamaian, hingga efek relaksasi.

Dua Menara masjid sebagai lambang pembangunan bersama, sebagai muslim dan ummat yang saling bersatu (berjamaah) dalam membangun impian dan harapan bersama-sama.

Logo ini terdiri dari lambang kubah masjid, yang menggambarkan kejayaan peradaban Islam. Esensi dari nilai filosofi tersebut adalah bahwa sistem pendidikan di Ma’had Al-Fatah bertujuan untuk menguatkan aqidah dan membiasakan ibadah.

Dua garis tepi dasar (bawah) sebagai wujud dan implementasi sistem yang berlafadzkan dua kalimat syahadat yang juga sebagai wujud keseimbangan bagi ummat islam.